Prometheus-retkikunnan katoamisesta on kulunut kymmenen vuotta. Covenant-alus on matkalla perustamaan siirtokuntaa kaukaiselle planeetalle. Androidi Walter huolehtii aluksen ylläpidosta miehistön ja matkustajien ollessa staasissa. Suunniteltu matka keskeytyy äkillisen aurinkomyrskyn vuoksi. Samalla lähistöltä löytyy toinen maankaltainen planeetta, jota ei aiemmin oltu huomattu tähtikartoissa. Autiolta vaikuttavalta planeetalta paljastuu pian eräs tutun oloineen, tappava eliölaji. Sekä robinsoncrusoemainen asukas David, joka tuntuu edelleen hautovan suurta hämäräperäistä suunnitelmaa.